《迷失的轨迹》分为三章，即三个阶段。玩家饰演的害羞男孩，从一开始不敢说出自己想说的话，逐渐成长为敢于面对自己的内心，完成了一次非常艰难的转变。我们可以把这款游戏看作是三个关卡，每个关卡都有非常精彩的剧情。这是《迷失的踪迹》的完整指南。
有一天，这个害羞的男孩上了一辆电车，刚坐下不久，他就看到了一个女孩。他对这个女孩一见钟情，想和她搭讪。但他总是坐在座位上看着女孩，没有勇气上前与女孩说话。就在男孩准备放弃和女孩说话的念头时，一道白色的身影从他身边挣脱开来。
白色的身影径直向前走去，男孩的周围变成了黑色，游戏开始了……
第一章
周围的环境是一片黑暗的森林，只有一个小小的光源指引着男孩的道路。男孩一直追随着那个人影。每当少年想要追上那个身影时，那个身影就会再次向前奔跑，似乎在指引着少年该去哪里。第二阶段通过改变交通灯信号来移动电车开始。
第二章
周围的环境充满了雾气。雾太浓了，连路都看不清了。这时候就需要戴上耳机，通过左右声道来控制男孩的运动方向。最后你要接电话，关掉留声机，走到楼梯上打开第三层。
第三章
男孩掉进了深渊，正当他以为自己能抓住那个人影时，那个人影却又离开了。当他正要跑向那个人影时，轨迹会发生变化，他需要在众目睽睽之下对着麦克风说话，才能使轨迹再次发生变化。然而，追随他之后，人影又消失了。男孩必须在几个灯台之间交谈，才慢慢找到那个人影。
最后，男孩抓住了那个人影，成为了其中的一员。场景又回到了电车上。男孩勇敢地站起来，走到女孩身边。
